《我的药店通古今》是一部65集的奇幻题材短剧，讲述现代药店老板林深意外获得穿越古今的神秘能力，通过药店为纽带连接古代与现代，解决两界疑难杂症的奇幻故事。剧中，林深发现自家祖传药柜暗藏时空玄机，每当月圆之夜便能穿越到古代医馆，帮助名医李时珍改良药方、为华佗调配特效药，甚至在古代瘟疫中研发疫苗。现代部分则聚焦他运用古代智慧解决现代医疗难题，如用古法治疗罕见病、化解医患矛盾。随着剧情推进，时空穿越的副作用逐渐显现，林深必须在拯救两界与维持现实生活间寻找平衡。该剧融合中医文化、时空穿越与轻喜剧元素，通过65个单元故事展现传统医学与现代科技的碰撞。